본 연구소는 한일관계와 관련된 연구과제를 중심으로 다양한 연구사업를 수행해 왔다. 특히 중점연구소 사업을 통해 한일 양국 역사문제의 원점이라고 할 수 있는 한일회담에 대한 연구 및 그 후속연구인 한일회담 전후 시기의 한일관계 관련 연구를 수행하면서 본 연구소는 국내외에서 높은 평가를 받았다. 중점연구소 사업을 통한 연구성과는 본 연구소가 한일 관계 및 일본 지역연구의 저명한 연구소로 도약하는 계기가 되었다. 또한 중점연구소 사업과 함께 동북아역사재단의 지원을 바탕으로 한일회담과 관련된 일본외교문서 분석 사업을 7년 동안 수행하였다.

위와 같은 장기적인 연구사업과 함께 문화체육관광부, 여성가족부, 외교통상부로부터 연구지원을 받으면서 단기적인 연구사업 수행하였고, 그 연구성과를 집대성하여 단행본으로 발간해 왔다. 그리고 일본국제교류기금으로부터 ‘해외 일본연구 지원사업’, ‘일본연구기관지원 프로그램 기증도서사업’, ‘일본연구기관지원 프로그램 도서출판 조성사업’등 학술적인 지원을 받으면서 연구소의 연구기반을 확충해 왔다.

이와 같이 본 연구소가 한일회담을 중심으로 한 한일관계 관련 연구과제를 수행하면서 거둔 연구성과들은 본 연구소의 강점임과 동시에, 본 연구소의 특성화·전문화된 연구 분야로 자리매김하였다. 이를 통해 본 연구소는 명실공히 한일관계 연구에 있어서 국내 최고의 연구기관으로 평가받고 있다.