본 연구소는 2002년 9월 설립 이후 연구과제의 수행, 학술회의 및 콜로키움 개최, 국내외 연구자 및 연구기관과의 협력, 학술지『일본공간』발행 등 다양한 연구 활동을 펼쳐 왔습니다.
연구소 설립 직후, 기초학문연구사업인 ‘일본형 시스템의 동요와 새로운 모색에 관한 연구’(2002.8~2004.7)와 ‘일본형 시스템과 글로벌화’(2004.9~2006.8)를 수행하면서 연구소의 학문적 정체성을 확립하는 초석을 다졌습니다. 이후, 중점연구소로 선정되면서 ‘한일회담 외교문서 공개에 따른 기초사료 연구’(2005.12~2008.11)를 수행하였고, 그 후속연구로써 ‘한일회담 이후 한일관계 관련 외교문서 및 기초자료의 수집, 발간, 연구’(2008.12~2011.11) 및 ‘한일회담 이전 시기(1945년~1951년) 한일관계 자료의 수집, 발간, 연구’(2011.12~2014.11)를 수행하였고, 이는 연구소가 비약적으로 발전하는 계기가 되었습니다. 이와 함께 토대연구사업인 ‘한일회담 미해결 과제의 해법 마련을 위한 일본 측 자료 수집, 해제 및 자료해제집의 집대성 사업’(2012.9~2015.8)을 비롯하여 한일관계와 관련된 다양한 연구과제를 수행하면서 한일관계 연구를 선도해 왔습니다.
이와 같은 연구 성과는 국내외에서 큰 평가를 받았습니다. 중점연구소 제1단계 연구과제를 수행하면서 발간한 ‘한일회담 외교문서 해제집’(전5권)은 한일회담과 관련된 외교사 연구뿐만이 아니라, 외교정책 결정과정과 협상과정에 대한 획기적인 역할을 하였고, 한국 현대정치외교사의 연구 지평을 확대시킨 걸작으로 평가받았습니다. 해제집은 그 공로를 인정받아 2009년도 교육과학기술부 대표우수성과, 2012년 인문사회기초학문육성 10년 연구성과의 하나로 선정되었습니다.
2015년에는 한국 외교부와 일본 외무성이 지원한 ‘한일 국교정상화 50주년 국제학술행사’에서 국내 일본 관련 연구소로는 유일하게 본 연구소가 공동주최자로 참가하였습니다. 그리고 연구논문, 좌담회, 현지보고 등을 통해 일본의 다양한 모습을 한국사회에 알린 학술지 『일본공간』이 그 동안의 성과를 인정받으면서, 2015년에는 등재 후보지로 2017년도에는 등재학술지로 선정되었습니다. 또한 2020년에 이루어진 학술지 재인증 평가에서 높은 점수를 받으면서 통과하여, 2026년까지 등재지 자격을 유지하게 되었습니다. 본 연구소는 앞으로도 『일본공간』 이 연구자들에게는 일본학에 대한 학문적 역량을 펼칠 수 있는 '학문의 공간'으로서, 대중들에게는 일본에 대한 폭넓은 이해를 도모할 수 있는 '소통의 공간'으로서 더욱 자리매김할 수 있도록 노력해 나가겠습니다.