기초학문연구 제1기의 연구주제는 ‘일본형 시스템의 동요와 모색’(2002년 8월 1일~2004년 7월 31일)이다. 본 연구는 전후 일본의 존재 및 발전방식을 규정해 온 이른바 일본형 시스템이 1990년대 이래 심각한 위기와 동요를 맞이하고 있는 상황을 염두에 두고, 일본형 시스템의 과거와 현재를 학제적인 방법을 동원하여 다각적으로 분석, 검토해 보며 이를 토대로 21세기 일본의 향방을 예측해 보는 것이다. 본 연구는 다음과 같은 몇 가지 중심적인 경험적 질문들을 바탕으로 구성되었다.
이 질문들을 일본형 시스템을 이루고 있었던 국가시스템, 정치경제시스템, 그리고 사회문화시스템에 각각 개별적으로 적용해보는 분석전략을 채택하고 있다. 이러한 분석전략은 특히 일본형 시스템의 진행방향을 예측해 보는 작업으로서 과연 국가시스템, 정치경제시스템, 그리고 사회문화시스템 및 각 분야들을 이루는 하위분야들 중 어느 분야에서 가장 극적인 변화가 감지되며, 어떤 분야에서 기존 일본형 시스템의 잔영이 가장 짙게 드리워있는지, 그리고 실질적으로 밀접히 연계되어 있는 각 분야의 다양한 변화의 폭과 속도들은 어떠한 방법과 방향으로 결합하여 21세기의 새로운 일본형 시스템을 구축하는 데 어떠한 공헌과 걸림돌로 작용할 것이며, 궁극적으로 어떠한 형태의 의미를 가지는 것인지 등을 체계적으로 분석하고 있다.
기초학문연구 제2기의 연구주제는 ‘일본형 시스템의 글로벌화-저항과 적응의 실태파익을 위한 필드워크’(2004년 9월 1일~2006년 8월 30일)이다. 본 연구팀은 ‘일본형 시스템의 동요와 모색’이라는 주제로 제1기 사업을 수행하였다. 그 연구의 성과로부터 현재 일본의 시스템은 1990년대 이후 종래의 일본형 시스템에서 그 내부에 일본형, 구미형, 절충형이 혼재·공존·경합하는 혼합형 시스템으로 전환과정에 있음을 발견하였다.
제2기에서는 다음과 같은 연구목적을 바탕으로 연구가 수행되었다.